Inoltre essendo il fiume Corno via di passaggio verso sud ed oggetto di contesa tra Svevi, Aragonesi ed Angioini anche il Colle Sant'Agostino (v. foto) fu cinto di mura con sette porte i cui resti sono ancora visibili. Alla fine del XII secolo buona parte dei Comuni montani risultavano già organizzati; i castelli si trasformarono nelle attuali frazioni, mentre Cascia a differenza di altri Comuni che potevano vantare di una continuità storica dal "municipium romanum" alla sede vescovile, fu soprattutto un Comune di tipo rurale destinato a consolidare il proprio territorio durante le lotte tra Federico I e II estendendo la sua giurisdizione sui castelli. Dopo l'oligarchia di Abrunamonte e dei figli, nobili conti di Chiavano, l'organizzazione politica ed amministrativa passò nelle mani della borghesia affrancatasi dalle angherie imposte dai nobili. Fin dalle origini questo Comune si dotò di Statuti (1387), documenti amministrativi che fissavano su carta le antiche consuetudini tramandate verbalmente dalla Lex Longobardorum ed ispirate all'antico Diritto Romano. Aggiornati continuamente dalle così dette Riformanze ed approvati da Bonifacio IX nel 1390, tali documenti raccolgono un secolo di disposizioni tramandate a voce nel nascente Comune e di decisioni prese nei primi consigli tenuti all'aperto sotto i portici. Nonostante il suo isolamento geografico Cascia non fu immune dalle successive lotte fra Guelfi e Ghibellini, schierandosi dalla parte di questi ultimi. In questo periodo la storia di questo Comune fu molto turbolenta, il coprifuoco era permanente e le rappresaglie contro i Comuni vicini erano all'ordine del giorno. Il lungo periodo che dal XV al XVIII secolo fu sicuramente il più ricco e fecondo come testimoniano le chiese ed i numerosi palazzi signorili, fu anche caratterizzato da calamità naturali e ribellioni, alternate a momentanei periodi di pace poiché Cascia, ormai appartenente alla Chiesa, subì l'eco dei mutamenti e delle lotte che avvenivano altrove, soprattutto a Roma e negli stati vicini. La demolizione della Rocca di Cascia per ordine di Papa Leone X nel 1517, la ribellione della Valnerina agli Orsini, la vendetta dei Colonna (1519-1530), il Sacco di Roma (1527) e le sue ripercussioni su Cascia come la perdita dei castelli, la pace con la Sede Apostolica (1530), la fine della Libera Repubblica (seconda metà del XVI secolo), la pace con Cerreto (1572), il ripristino del Governatore (1587), il disastroso terremoto del 1599 e quello del 1703, sono gli avvenimenti principali di questo arco di storia terminante con la dominazione francese (1798-1815) a seguito della Rivoluzione del 1789. L'aggregazione di Umbria e Marche alla Repubblica Cisalpina con il Trattato di Tolentino (1797), sancì definitivamente il crollo dell'invulnerabilità morale e politica dello stato della Chiesa; le nuove leggi imposero lo scioglimento degli ordini religiosi, la deportazione dei sacerdoti, la soppressione di alcune festività, la presenza dei briganti che continuarono ad operare per anni nei boschi della Valnerina. Il Compartimento del Clitunno sostituì l'antico ducato di Spoleto, mentre il passaggio continuo di truppe e di sbandati finirono per l'impoverire le campagne della zona. Dopo la Restaurazione, si organizzò il territorio in base ai nuovi Comuni dotati ciascuno di un Sindaco. Nel 1809 il Comune di Cascia fu smembrato ed i centri di Usigni, Mucciafora, Roccatamburo costituirono il nuovo Comune di Poggiodomo. In compenso fu aggregato a Cascia Castel Santa Maria, geograficamente villaggio nursino, mentre nel 1583 anche Trimezzo fu distaccato da Cascia ed aggregato al Comune di Cittareale. Durante le vicende Risorgimentali di cui Cascia conserva il ricordo del passaggio di Giuseppe Garibaldi (1857), gli umbri ed i casciani stessi non costituirono parte attiva nelle lotte per l'Unità d'Italia limitandosi ad aspettare pazientemente l'evolversi degli eventi senza celare un diffuso malcontento specialmente nelle campagne per l'occupazione straniera e la soppressione degli ordini religiosi, malcontento e rassegnazione fatalistica che perdurò almeno fino all'annessione dell'Umbria al Regno Unito d'Italia (1860), accolta con grande entusiasmo da tutta la popolazione.